关于分税制，吴敬琏为什么生气？他真的有道理吗？
财经作家吴秀波写到：“以分税制取代财政大包干制，目的就是改变中央政府在收入分配上的被动局面。在朱镕基和他的幕僚们看来，中央与地方政府的财权和事权必须进行重新的“合理设置”，否则，宏观调控将缺乏坚实基础。如果中央政府在改革中行动迟缓，地方则积极试点和力求扩展，那么，加快改革很容易被理解为自下而上地冲破中央的领导和管理。
1993年7月23日，朱镕基在全国财政会议上首次正式提出分税制的想法，一个多月后，分税制改革的第一个方案出台，中央将税源稳定、税基广、易征收的税种大部分上划，消费税、关税划为中央固定收入，企业所得税按纳税人隶属关系分别划归中央和地方；增值税在中央与地方之间按75∶25的比例分成。
为了说服各省，朱镕基在随后的两个多月里，奔波全国，一一说服，其间颇多拉锯、妥协。那段时期的朱镕基压力非常之大，到处都是反对之声，他首站去的就是在财政大包干制度下得益最大的广东省，自谓“不入虎穴，焉得虎子”。朱镕基成功地说服了广东省，作为“代价”，他同意将土地出让收入部分归于地方政府，这为日后的“土地财政”埋下伏笔。
分税制的实施成效非常显著，在这项制度执行的第一年——1994年，中央的财政收入比上一年就猛增200%，占全国财政总收入比例由上年的22%急升至56%，但财政支出占全国总支出比例比上年只增加2个百分点。
分税制的推行是改革史上一个转折性的事件，它带来的最重要的结果，是中央在经济权力和利益的分配中重新获得主动权。从1995年到朱镕基退任的2004年，中央财政收入平均占国家财政总收入的52%，但财政支出平均只占国家财政总支出的30%。
在原理上，分税制是一项联邦财税制度，世界上大多数市场经济国家均采用不同形式的分税制，然而这一制度在中国却发生“变异”，成为了中央实现经济集权的手段。作为分税制的首倡者之一，吴敬琏在晚年对这一制度的实行现状非常不满，在他看来，推行分税制的前提是必须清晰地划分中央与地方的事权和支出分配，然而这两项都被刻意地“回避”了。
首先是事权不清，特别是中央政府，将公共服务部分的大部分支出转嫁到了县以及县以下的政府头上，以2004年为例，地方财政收入占全国财政总收入约为45%，但财政支出却占全国财政总支出的约72%。在教育事业费上，中央财政支出219.64亿元，而地方财政支出3146.30亿元，是中央的14倍多；社会保障补助方面，地方财政支出是中央的近7倍；支农支出是中央的10倍。在中央把省里的部分税权上收的同时，地方也上行下效。
地市政府的财政税收上收到省里，而地市一级则把县乡财政税收上收到地市，其结果是，省级以下地方政府的财权只有余下不到17%的水平，却负担80%的民生和绝大部分公共事务的支出。由于“支出责任”的过度分散化，逼得地方政府不得不把自己变成“企业”去赚钱。
中央对地方一般性转移支付结构分析图
其次是转移支付制度不完善，中央将大部分税收持于手中，却不公开财政支出细目，拒绝建立对话协商机制，应转移到地方的那部分从来不与地方讨论，不接受监督，而是以“项目建设”的方式落实，投资及决策权力集中于国务院的发展改革委员会及各大部委，地方政府毫无话语权，只好在北京设立“驻京办”，出现了所谓“跑部钱进”的恶劣局面。地方一“跑部”，中央的权威当然就至高无上了。
这两个问题，用直白的话说就是：地方把大部分的钱交上去了，但要花的钱却越来越多，中央把大部分的钱收上来了，但怎么花却从不跟地方商量。C.E。林德布洛姆在《政治与市场：世界的政治－经济制度》一书中曾揭示说，政治权力制度在更宏观的层面上为经济运行规定了一种基本环境，形成了所谓的“统率性规则”。基础于联邦政体的分税制在中央集权政体的中国发生“变异”，正是这一规则的生动体现。”“
朱镕基在退休后在清华大学发表眼睛时说：
朱镕基说：“最近呢，还有一种谬论呢，国外的报纸也有，国内的报纸也有，说这个房地产项目这么沉重，都是过去这个分税制搞坏了，说税收都收给中央来了，地方没钱了，所以它只有发展房地产才有钱？狗屁！”
他表示：“我们制定了一个错误的政策，就是房地产的钱，都收给地方政府，而且不纳入预算，这不得了。这个钱就是搜刮民膏，所以把地价抬得那么高。这个绝对不是分税制的错误。地方没少收钱。(财政收入)总共8万亿，一来一回(地方)收回来7万3千亿，还少啊？还没钱？现在地方有的是钱。这房地产（问题）根子就是房改政策错误。”
在此次座谈中，朱镕基重点谈了对近年来争议颇多的分税制“功过”问题的看法。
他说：攻击分税制，说分税制掏空地方财政，造成农民贫穷的人，根本就是无知！无知还透顶！
他表示，为此发脾气“绝不是为了我个人，也是为了整个中央第三代领导集体。”
以2010年财政收入数据为依据，他对分税制掏空地方财政，造成地方财政弱势，使得地方把负担都转嫁到农民头上，进而倚重土地财政，直接推高房价的观点予以批驳。其中提及的中央与地方财政分账数据，此前官方尚未披露过。
他说：“去年全国财政收入83000亿，其中，地方直接收入4万亿，中央税收返还（给地方）33000亿，两者相加是73000亿，占了大部分啊。中央财政收入多少？是15900亿（注：原话如此），占83000亿的20%左右吧。92、93年中央财政收入比重是28%、27%，现在20%都不到，怎么能说中央把税都收上去了，收得过多呢？”
对分税制存在的问题，他也有反思：“当然我们还有缺点，主要是返还支付的方式。税收返还（转移支付）的工作做得不好，要靠地方‘跑部钱进’，求爷爷告奶奶才能拿到。”
同时，他表示：“分税制有缺点，但我负的责任不是主要的，因为我当时就说，分税制改革没有完，要继续进行。”
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